Một ngày nọ, Kaname Madoka có cuộc gặp gỡ vô cùng kỳ diệu có thể thay đổi số phận của cô – mở đầu một câu chuyện mới về những cô phù thủy có phép thuật.

Cậu bé tò mò Sasakibara Koichi chuyển đến một lớp học bí ẩn, nơi đang mắc phải một lời nguyền khủng khiếp, và bắt đầu đặt ra quá nhiều câu hỏi.