Cuộc phiêu lưu tiếp tục khi Go và Satoshi tiến xa hơn trên hành trình nghiên cứu và Go tham gia Dự án Mew. Nhưng Mew không phải là Pokémon Huyền Thoại duy nhất!

Kẻ mất trí nhớ Caiman, được người bạn Nikaido giúp sức, nỗ lực hóa giải lời nguyền đầu thằn lằn bằng cách giết pháp sư đã gieo lời nguyền đó. Ở Hole, việc này là mối họa.

Hai nhà vô địch du hành thời gian về Lưỡng Hà cổ đại để chiến đấu với các nữ thần và ác quỷ – họ là phòng tuyến cuối cùng trước nguy cơ diệt vong của loài người.

Nhà huấn luyện trẻ tuổi Satoshi và người bạn mới Go trở thành nghiên cứu sinh tại phòng nghiên cứu của Giáo sư Sakuragi. Họ đi khắp thế giới để tìm hiểu về Pokémon.

Khi nhiều ngôi làng bị diệt vong dưới tay một chủng tộc chiến binh tàn ác, nữ tu sĩ trẻ tuổi Kirara đã chu du khắp vùng quê để tập hợp các samurai lang bạt.

Ở Tokyo hoang vắng tràn ngập bong bóng và những bất thường về lực hấp dẫn, một chàng trai trẻ tài năng có cuộc gặp định mệnh với một cô gái bí ẩn.